ISIF memiliki 3 fakultas dan 6 program studi, yakni Fakultas Syari’ah [Program Studi Akhwal Syakhshiyyah dan Program Studi Ekonomi Syari’ah], Fakultas Tarbiyah [Program Studi Pendidikan Agama Islam], dan Fakultas Ushuluddin [Program Studi Ilmu Al-Qur’an dan Tafsir, Program Studi Akhlaq Tasawuf, dan Program Studi Filsafat Agama]. Orientasi pendidikan ISIF difokuskan pada penguasaan spesialisasi keahlian dan kecakapan untuk bekerja bersama masyarakat, sehingga dalam jangka panjang sarjana ISIF diharapkan menjadi ulama-intelektual-organik yang peduli terhadap pengembangan ilmu pengetahuan Islam yang berorientasi kepada transformasi sosial untuk perwujudan kesetaraan, keadilan, kemaslahatan, dan tegaknya nilai-nilai kemanusiaan.
Berikut bendera dan busana yang dimiliki ISIF dari setiap fakultas :
Busana Wisudawan
Busana Senat Institute
Bendera Fakultas Syariah
Bendera Fakultas Tarbiyah
